PCR實驗室平面布置。

一般PCR實驗室被劃分為四個獨立的工作區：試劑準備區、樣品處理區、核酸擴增區、產品分析區。

熒光定量PCR檢測方法中的定量PCR實驗室一般被劃分為三個獨立的工作區：試劑準備區、樣品準備區、核酸擴增和產物分析區，以及PCR常規PCR實驗室。

為了防止交叉污染，須嚴格按照單一的方向進入各個工作區域，即只有試劑準備區→樣品準備區→核酸擴增區→產物分析。

【藥劑儲藏及儲存區域】

實驗區域主要進行的操作是：貯藏試劑的配制、試劑的分裝以及主反應混合物的制備。標本制備用的試劑和物料須直接運到區內，不能通過其它地區。本地區的試劑原料須儲存于本地區，并要在本地區生產，以滿足需要。

【樣品準備處】

在這一地區進行的主要工作是保存臨床標本、核酸(RNA、DNA)提取、儲存以及添加到擴增反應管中cDNA的合成以及RNA檢測。

【混合反應的配制和擴增及產物分析區域】

這一部位主要檢測DNA或cDNA擴增及擴增片段。另外，該區還可以將制備的DNA模板和合成的cDNA(來自樣品制備區)的加入以及主反應混合液(試劑貯藏和準備區)配制為反應混合物。